从目前市场的常见做法大致分两类，一类是由制造业企业自己保有车辆运输；另一类是委托第三方物流企业运输。二者的涉税处理有所不同。

在企业自己保有运输车辆的情况下，当保有车辆所耗用的物料金额大于销售总成本的65.41%时，制造企业自己保有车队运输相对具有优势，但是大部分企业都无法满足这一条件。计算如下：

假设车辆可抵扣物耗金额为M,物耗可抵扣税金13%M，销售额为N，解方程：3%N=【N/（1+13%）-M】*13%，平衡点M=65.41%N。

因此，在自己保有车辆的前提下，衍生方案为成立专门的集团内物流企业负责运输。针对物流费用的收取，在成立物流公司的情况下，企业可以选择分别开具运输发票和商品销售发票给到买方，也可以通过内部关联交易，将物流成本体现在最终售价中，转嫁给买方。但是通过计算，当运输成本小于销售总成本的7.69%时，企业设立自己的物流公司是可以实现节税效果的，否则应当选择外部供应商。

通过外部第三方物流企业进行运输的税务处理与成立物流公司基本相同。即生产制造企业可以选择外购运输业务，将运输费用合并在货款中收回，但是在这其中就会涉及到混合销售的问题，存在增值税税负畸高的风险。另一种处理方式是销售企业代买方寻找物流公司，并代垫运费，在此情况下，买方收到销售企业与物流公司分别开具的两张发票，如果各方都是一般纳税人的前提下，销售企业预计可以节约4%的税金，即销售商品与运输服务的增值税税率差。

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