医药企业要合规处理企业损失，首先要明确相关税收法规规定及其背景：

就增值税而言，区分正常损失和非正常损失，是要确定相关货物所包含的进项税是否可以抵扣。一般企业的存货，有质量瑕疵，但仍能按原用途以较低的价格变现，该货物实际上没有退出流通环节，其价值损失应视为正常经营损失，而且有相应的销项税额。药品一旦过期，变质后就没有再利用价值，理论上已经退出流通环节，其中包含的进项税额已经没有相应的销项税额，增值税的进销抵扣链中断。制药、食品和饮料等企业经常发生这种情况，损失金额可能很大。如果不除去其中包含的进项税，就相当于侵蚀了税基，必须作进项税额转出处理。

关于企业所得税，按照《企业财产损失所得税前扣除管理办法》(国家税务总局公告2011第25号)的规定，企业财产损失分为实际资产损失和法定资产损失。从报废过期药物的实际操作和财务核算来看，这种损失多属于实际损失。从报备资产损失方式来看，需要区分非正常损失和合理损耗。从企业质量管理的内部要求和行业监督部门的外部规定来看，这种损失是可以预测的，即使无法预知报废规模，但报废销毁毕竟是大概率事件。企业发生这种常规报损事件时，可视为企业存货发生的合理损耗，可以采用清单申报的方式，但必须有相关的内外部证据。

一是企业发生资产损失时，应正确判断损失的性质，即正常损耗或非正常损失。对于因管理不善造成的损失，应当做进项税额转出处理，按企业财产损失所得税前扣除管理办法规定报备和申报。二是收集和保存资产损失的证据。现行税收法规要求企业按规定向税务机关提交资产损失税前扣除申请时，必须提供证明资产损失确实属于已发生的合法证据。三是正确收集与损失有关的各种费用，不得以正常报损为名，人为增加税前扣除额。